名だたる刀剣が戦士へと 姿を変えた存在・刀剣男士たち。 とある本丸にて、十五振りの刀剣男士は 主をなくし漂流していた。 そんな彼らを突如、歴史改変を目論む 時間遡行軍が襲撃する。 その後、時の政府から彼らに「強襲調査」という名の 任務がもたらされーー？
