近代化と共に駆逐された、水辺に現れる妖怪や精霊──“水ノ怪”。しかし現代において、まだそれらが生きる町があった。うろこ町の「水ノ怪駆除センター」で若くして働く早夜は、消息不明の兄を捜す少女・きちを保護する。死者の魂を呼ぶ祭りの中で、きちは兄と再会するが…!?
