時は12世紀の京都。山賊の大和は南蛮商人の荷を襲う。その荷の中には、美しき2体の人形が！？しかも突然動き出し…！！ 時は流れて現代。高校生の大和は骨董屋で、善の機巧童子・ウルティモと出会い、時を超えて紡がれる善と悪の機巧神話、スタート！！
