シンジ・レイ・アスカの3人で奏でる『もう一つのエヴァ』始動！！ ある日の朝、碇シンジは通学途中に一人の少女と偶然ぶつかってしまう。 少女の名は「綾波レイ」。 シンジのクラスに転校生としてやってきた謎多き少女だ。TVの「エヴァ」とは違った設定で贈る「学園エヴァ」第1巻！！
