メガトロンとの戦いから2年。地球の人々の憎しみの的となり雌伏の時を過ごしたオートボットは、状況打開を焦った結果、歴戦の勇士アイアンハイドを失ってしまう。大胆な変容を求めて司令官のオプティマス・プライムは人類に投降。残された者達は各々の思惑に引きずられ瓦解の危機を迎えるが、新たな…