かつて謎の失踪を遂げた元統合科学特捜隊隊員のモロボシ・ダンが、数十年ぶりに奇跡の生還を果たした。 彼を労うハヤタ・シンだったが、ダンはシンを襲うと、そのウルトラエッセンスを吸収し、謎のウルトラに変身する！ 新たなウルトラの出現、ウルトラマンとの絆を絶たれたシン、さらにウルトラマ…
