【新世紀エヴァンゲリオン　（4）】

ネルフへ戻ったシンジは、父・ゲンドウの掌にある火傷の痕が、エヴァ起動実験中の事故でエントリープラグに閉じ込められたレイを助けるために負ったものであることを知り、複雑な思いを抱く。他人に心を開かないレイと、任務以外に関心がないような父の間にある見えない絆を考えるうち、自然、シンジはレイ自身に関心が向き始める。
そこへ、新たなる使徒がネルフ本部への直接攻撃をしかけてきた。
国内総電力徴発による「ヤシマ作戦」によりエヴァは勝利するが、初号機の盾となったため、レイは零号機の中で意識を失ってしまう。知らず、父のように夢中でレイを助け出したシンジに対し、感情を現さないレイも変化を見せ始めた……。